由于台军方“导弹司令部”遭批评为黑机关，再加上前后任“防长”战略思维明显不同，台军方规划裁撤刚成立不久的“导弹司令部”。

　　据中通社报道，“导弹司令部”裁撤后，将由台空军“防炮司令部”或空军“作战司令部”接手相关业务。但由于“导弹司令部”挂牌还不到一年，此事也再次引发军方议论。

　　据了解，台军“导弹司令部”是在2004年4月1日正式挂牌运作，有替陆军“量身打造”之意。然而，尽管“导弹司令部”风光挂牌，但当时成立颇仓促，组织条例或组织规程都未送台湾“立法院”审议，让在野“立委”颇为不爽，要求台军方项目报告后才能动支。

　　台“防长”李杰因此不愿意再横生枝节，幕僚建议裁撤“导弹司令部”，由具备远程预警能力的空军“作战指挥部”或者“防炮指挥部”接手。